بعد سيامته بيوم اجتمع البابا مكاريوس مع اعضاء المجلس الملي وصلي لهم وبعديها باسبوع اتنازل عن ادارة الاوقاف للمجلس الملي
ولكن ده خلي اعضاء المجلس ارادوا السيطرة علي كل كبيرة وصغيرة بالكنيسة حتي الاكليريكية ..
اعتراض ن المطارنة والاساقفة وغضبوا مما فعله البابا من تسليم الامور للمجلس الملي فعملوا مجمعا مقدسا برئاسة انبا بطرس مطران اخميم وسوهاج في 22 مايو 1944 وقرروا في بيان ثلاثة اشياء هامة
اولا المجمع المقدس هو السلطة اللى تسوس الكنيسة ولا يستطيع البطاركة بدونها تقرير اي شئ وذلك كما نصت قوانين الرسل والاباء
ثانيا البطريرك قام بتسليم اوقاف الاديرة للمجلس الملي دون استشارة المجمع المقدس بل ان البابا لم يقبل الاجتماع بالمطارنة مما دعاهم لعقد المجمع من دونه
تالتا المجلس الملي العام تعدي حدوده واثار الاضطراب بالكنيسة مع اصراره علي استلام الاوقاف وعدم اهتمام اعضاؤه بالاصلاح بل بالسلطة والدعاية